九年六月，与贺逢圣、黄士俊并入内阁。时体仁当国，欲重治复社，值其在告，贞运从宽结之。体仁怒语人曰：“句容亦听人提索矣。”自是不敢有所建白。及至发去位，贞运代之，乃揭救郑三俊、钱谦益，俱从宽拟。帝亲定考选诸臣，下辅臣再阅，贞运及薛国观有所更。迨命下，阁拟悉不从，而帝以所择十八卷下部议行。适新御史郭景昌等谒贞运于朝房，贞运言所下诸卷，说多难行。景昌与辩，退即上疏劾之。帝虽夺景昌俸，贞运卒引归。十七年五月，庄烈帝哀诏至，贞运哭临，恸绝不能起。舁归，得疾遽卒。

——《明史·卷二百五十三·列传第一百四十一》

孔贞运于明崇祯十年十二月二十七日撰《明资政大夫正治上卿兵部尚书节寰袁公偕配诰封夫人宋氏合葬墓志铭》，墓铭近五千字，文辞优美流畅。款署“赐进士及第柱国光禄大夫太子太保礼部尚书兼文渊阁大学士总裁国史玉牒同知制诰起居经筵日讲通家侍生孔贞运顿首拜撰”。字由袁可立的门生王铎书丹。节寰袁公即袁可立，明廉直名臣，河南睢州（今睢县）人，天启年间与孔贞运同朝，官至兵部尚书太子少保，南都加赠光禄大夫太子太保。袁可立为晚明抗清名臣，遭满清封杀，和毛文龙、刘爱塔一样，清修《明史》俱不立传。该志铭内容翔实可考，记述生动传神，对清人修撰《明史》有纠偏补阙之功，是明史研究者不可多得之资料。

孔子的第62代孙孔贞运是哭死的。

1612年（万历四十年）以句容客籍在应天乡试中中举。1619年（万历四十七年）登已未科殿试一甲第二名（榜眼），赐进士及第，授翰林院编修。1620年（泰昌元年）同伯兄贞时篡修《神宗实录》并六朝奏章。熹宗时又篡修《光宗实录》。1625年（天启五年），充任会试考试官，任经筵展书官，纂修两朝实录。1627年（天启七年）朝廷按其资格允原衔，充日讲起居注宫。当时魏忠贤把持朝政大权，陷害忠良。朝臣多按魏的意图行事，贞运不畏权势，不与魏往来。

1628年（崇祯元年）孔贞运任国子监祭酒，不久，又升为少詹事仍管国子监事。1629年（崇祯二年）正月，崇祯帝驾临国子监，听孔贞运进讲《书经》。国人都说，自唐朝贞观年间，祭酒孔颖达讲《孝经》，讲经结束进献《释奠颂》，孔氏子孙以国师的身份进讲，至孔贞运乃再现。崇祯帝以孔圣人后裔的缘故，从优赐他一品服。

后来孔贞运与郭景昌在官员选拔问题上发生矛盾，郭景昌便上书弹劾孔贞运，结果郭景昌被夺俸，孔贞运被崇祯罢免。孔贞运在建德山中居住七年，食不甘味，居无亭榭。得知“甲申”国变，孔贞运痛哭不已。亲戚朋友来慰问，孔贞运只称述主上圣明，都是诸臣误国，边说边哭，后竟绝食数日。崇祯帝吊死煤山的消息传来，孔贞运拖着病体，前往哭祭，恸绝不能起，抬回家中即卒。享年69岁，谥文忠。

《江苏采辑遗书目录‧集部》记载：

《鲁斋集》，编修江左孔贞时著。按此集，首诏勅笺表，次诗文杂著。共五卷。刊本：《江苏采辑遗书目录‧集部》叶44下，张升编本册4，页454﹝笔眉批：孔贞时即孔相国贞运之兄，原写的「有」字系误写。江左池州建德县人（今改至德）﹞。